H&E 染色的原理是利用苏木精染液和伊红染液对组织进行染色。苏木精染液呈碱性，能够将细胞核内染色质与胞浆内的核酸染成蓝色或紫色，而伊红染液呈酸性，能够将细胞质、细胞外基质中的蛋白质等染成红色或粉红色。通过这种染色方法，可以使组织样本中的细胞结构和组成清晰可见，从而帮助病理学家和组织学家进行诊断和研究。