对于经过固定和洗涤的细胞或组织，只要经过一步染色反应，洗涤后就可以通过荧光显微镜或流式细胞仪检测到呈现红色荧光的凋亡细胞。 细胞在发生凋亡时，会激活一些DNA内切酶，这些内切酶会切断核小体间的基因组DNA。 细胞凋亡时抽提DNA进行电泳检测，可以发现180-200bp的DNA ladder。 基因组DNA断裂时，暴露的3'-OH可以在末端脱氧核苷酸转移酶 (Terminal Deoxynucleotidyl Transferase,TdT)的催化下加上红色荧光探针Cy3 (Cyanine 3)标记的dUTP，从而可以通过荧光显微镜或流式细胞仪进行检测。